Pejabat Pendaftaran Mahkamah Persekutuan merupakan bahagian yang bertanggungjawab ke atas pentadbiran dan pengurusan kes-kes yang difailkan di Mahkamah Persekutuan. Pejabat ini menyediakan khidmat sokongan perundangan untuk membolehkan Mahkamah Persekutuan mendengar dan menyelesaikan kes dengan lancar dan licin. Demi kepentingan undang-undang dan juga orang awam, bahagian ini bertanggungjawab memastikan kendalian dan pelupusan kes di Mahkamah Persekutuan dilaksanakan dalam jangkamasa yang ditetapkan dengan mengambil kira kerjasama semua pihak yang terlibat.

Pejabat Pendaftaran Mahkamah Persekutuan ini diketuai oleh Timbalan Kanan Pendaftar dengan dibantu oleh beberapa orang Timbalan Pendaftar dan Penolong Kanan Pendaftar. Bahagian ini merangkumi Unit Pentadbiran, Unit Rayuan Sivil, Unit Rayuan Jenayah, Unit Permohonan Sivil, Unit Sabah & Sarawak dan Unit Pengurusan Kes.

Fungsi Pejabat Pendaftaran Mahkamah Persekutuan antara lain adalah seperti berikut: